5.6.3 Les moyens analytiques disponibles pour le suivi des micro-organismes d’altérations

Bactéries acétiques

Le plus courant reste le suivi de l’acidité volatile ou de l’acide acétique qui représente 98% de l’acidité volatile. Le suivi de ces paramètres est rapide facile et efficace. L’analyse peut être effectué par, méthode enzymatique ou l’on dose l’acide acétique uniquement, ou encore par mesure IRTF ou par titrage acido-basique (méthode officielle) pour l’acidité volatile.
Sinon, il est également possible de dénombrer les bactéries via de l’épifluorescence, PCR ou encore sur milieu gélosé. Le dénombrement est une technique plus ponctuelle pour identifier la source de contamination en cas de problèmes.

Brettanomyces bruxellensis

Dosage des phénols

Cette technique permet de connaître la concentration en phénols dans le vin et donc d’agir si la quantité commence à augmenter. La technique se nomme SBSE / GC /MS, SBSE étant une technique d’extraction des phénols sur barreaux magnétiques (Stir Bar Sorptive Etraction) puis passage en chromatographie gazeuse (GC) et spectrophotomètre de masse (MS). C’est une méthode rapide et précise mais assez coûteuse. A l’instar du suivi de l’acidité volatile pour les bactéries acétiques, le dosage des éthyl-phénols pour le suivi de B. bruxellensis s’avère très performant si le suivi est régulier. En effet, la quantité de populations de Brettanomyces n’est pas déterminante sur la quantité de phénol produite, il est possible d’avoir une population moyennement importante et pourtant pas de phénols et inversement.

Dénombrement sur boites de pétri

C’est une gélose sélective permettant d’observer le développement des Brettanomyces. Cette méthode est peu coûteuse. Cependant le temps avant résultat est assez long (au moins 8 jours) et la population viable mais non cultivable (VNC) n’est pas quantifiée. Pour faire un dénombrement sur boîte, il faut filtrer une quantité de vin puis en prendre 1 mL et l’appliquer sur la gélose. La quantité initiale de vin est à choisir par le domaine ou selon le protocole du laboratoire, il est donc possible de détecter des seuils de population faible en filtrant par exemple 1 litres de vin permettant de concentrer la quantité potentielle de B. bruxellensis.

La cytométrie de flux

C’est une méthode basée sur le comptage de cellules via une coloration spécifique avec un agent fluorescent. Les cellules sont ensuite détectées par un compteur. C’est une analyse assez rapide et un peu plus précise que la boîte de Petri. Elle permet de quantifier les cellules à partir de 200 cellules/ml.

qPCR (quantitative Polymerase chain reaction)

C’est une technique de biologie moléculaire permettant d’amplifier une fraction spécifique du génome de B. bruxellensis. L’amplification permet alors la détection et la quantification du nombre de cellules dans le milieu. Cette méthode permet de quantifier une population faible, à partir de 10 cellules/ml.
C’est une méthode spécifique, fiable et rapide. Attention, selon le protocole d’analyse utilisé, il est possible de compter des individus morts et donc de surestimer la population.

Mise en place du suivi des microorganismes présents dans le milieu : quelle fréquence d'analyse choisir ?

La fréquence dépend des facteurs de risques, du stade d’élaboration et du type de microorganismes. S’il y a eu un arrêt de fermentation alcoolique ou une phase de latence importante entre FA et FML, un suivi régulier est alors à adopter précocement afin d’éviter tout risque.

L’acidité volatile

Pour l’acidité volatile qui peut potentiellement augmenter via les bactéries lactiques et/ou acétiques, le suivi doit être très régulier dès la fin de la FA. S’il y a des sucres résiduels, les bactéries lactiques peuvent dégrader les sucres et produire de l’acide acétique. Il faut donc être vigilant.
De même, lorsqu’il y a des apports d’oxygène lors de l’élevage et/ou que le SO2 libre n’est pas à une teneur suffisante, l’acidité volatile peut augmenter via la prolifération des bactéries acétiques.
Dans tous les cas, le suivi de l’acide acétique se fait idéalement toutes les semaines lors du suivi de la fermentation malolactique et mensuellement lors de l’élevage.

Brettanomyces / phénols volatils

Classiquement, un premier point est à effectuer après la FML afin d’apprécier le risque. Ensuite, la fréquence est déterminée par la contamination initiale. Il est possible d’imaginer un suivi mensuel ou bimensuel. En cas de risques élevés, un suivi toutes les deux semaines est possible notamment sur les périodes à risque, lorsque les températures du chai augmentent en été par exemple. De même, lorsque des fûts usagés sont utilisés, les premiers points de contrôles doivent être plus rapprochés.
Dans une situation où l’élevage est bonde de côté, il peut être pertinent d’avoir des fûts conservés bonde dessus pour le suivi même si la quantité d’oxygène apportée au vin ne sera pas tout à fait la même. Une autre méthode est de percer les fûts en utilisant une épinette pour les refermer ensuite.
D’autres cas imposent un rythme plus soutenu, comme une conduite d’élevage sans SO2.